Stronti có 4 đồng vị bền trong tự nhiên: 84Sr (0.56%), 86Sr (9.86%), 87Sr (7.0%) và 88Sr (82.58%). Chỉ có 87Sr sinh ra từ phân rã phóng xạ; nó được tạo ra bằng cách phân rã kim loại kiềm phóng xạ 87Rb, loại có chu kỳ bán rã 4,88 × 1010 năm. Do đó, có 2 nguồn 87Sr trong bất kỳ vật liệu nào: thứ nhất là nó được hình thành trong các ngôi sao cùng với các đồng vị 84Sr, 86Sr, và 88Sr; và thứ hai là nó được hình thành bằng các phân rã phóng xạ 87Rb. Tỉ lệ 87Sr/86Sr là chỉ số đặc trưng trong khảo sát địa chất; các tỉ lệ này trong khoáng vật và trong các đá dao động từ khoảng 0.7 đến lớn hơn 4.0. Vì stronti có bán kính nguyên tử tương tự như của canxi nên nó sẵn sàng thay thế canxi trong các khoáng vật.

Có 16 đồng vị phóng xạ của stronti tồn tại. Trong đó, quan trọng nhất là 90Sr với chu kỳ bán rã là 28,78 năm và 89Sr có chu kỳ bán rã 50,5 ngày. 90Sr là sản phẩm phụ trong phân hạch hạt nhân được tìm thấy trong các vụ nổ hạt nhân và gây ra các vấn đề sức khỏe vì nó thay thế canxi trong xương, chống lại sự đào thải ra khỏi cơ thể. Đồng vị này là một trong những tác nhân phát xạ beta năng lượng cao và tồn tại lâu, và được sử dụng trong các thiết bị SNAP (Systems for Nuclear Auxiliary Power). Các thiết bị này hứa hẹn sử dụng trong phi thuyền không gia, các trạm đo thời tiết từ xa, vv., nơi mà cần có nguồn năng lượng điện hạt nhân hoạt động trong thời gian dài và khối lượng nhẹ. Thảm họa hạt nhân Chernobyl 1986 gây ô nhiễm 90Sr trên diện rộng.90Sr được đặt bên trong một mẫu bạc lõm được sử dụng để điều trị cắt mộng thị ở mắt.[2]

89Sr là đồng vị tổng hợp có thời gian sống ngắn, được dùng để chữa bệnh ung thư xương. Trong các trường hợp khi mà ung thư phát triển và di căn sang đau xương, sử dụng 89Sr trực tiếp (phát xạ beta) lên vùng xương bị bệnh.89Sr được sản xuất từ ở dạng muối clorua (hòa tan), và khi được hòa tan trong muối thường thì có thể bơm vào tĩnh mạch.